Designación a partir de 1945
La Ley Orgánica de 1945 estableció una Junta de Gobierno que se encargaría de la designación del Rector, así como de los miembros del Patronato y de los directores de facultades, escuelas e institutos. Los integrantes de esta Junta serían nombrados, principalmente, por el Consejo Universitario.
Después de consultar a la comunidad, realizar entrevistas con los aspirantes y deliberar, se daría aviso a la persona designada y a la persona que ocupaba la rectoría y, en menos de una semana, la nueva persona titular de la rectoría tomaría posesión del cargo, en una sesión extraordinaria del Consejo Universitario y donde prestaría juramento ante la Junta de Gobierno.
Los rectores presentaban sus proyectos de gestión en su primer mensaje. En los últimos años las y los aspirantes presentan sus propuestas ante la comunidad al iniciar el proceso, de acuerdo con lo estipulado con la convocatoria que, en cada periodo, emite la Junta de Gobierno, responsable de darle cause al mismo.